然而，面對高校建設出現的新情況新問題，高校的管理仍然長期停留在計劃經濟時代。高校領導干部的權力相對集中，而與之配套的法律規范、權力監督機制卻沒有及時有效地跟進，致使高校腐敗案件捺下葫蘆起來瓢，職務犯罪不斷增多。湖北省財政廳行政事業單位資產管理處處長周學武曾對媒體坦陳，過去主要只管了高校經費的劃撥、報表的審核等，至于怎么“花錢”，主要靠高校自主管理。經費管撥不管花，勢必形成黑手大把抓？

不受制約監督的權力必然導致腐敗，這已經被無數事實所驗證。“權力過大，制約過小。高校內部的財務管理像個自成一體的小社會。”湖北省教育廳副廳長周洪宇曾經這樣概括高校領導干部職務犯罪頻發的原因。而且，像國家部委直屬高校，散布在全國各地，一方面部委很難監管到，鞭長莫及，另一方面，當地教育、財政部門既管不了它的帽子，又管不了它的票子，很少監管。同時，高校又相對封閉，缺乏社會監督，而校內監督又很難監督到校領導頭上去，這就為腐敗創造了便利條件。權力運行制約監督乏力，不僅使腐敗成為可能，而且會令其迅速加劇。

遏制高校腐敗高發勢頭，保證權力合理運行，應重點抓好分權、制衡和限任等項工作。要優化權力配置，使權力關系明晰化、規范化，防止“一把手”一手遮天，特別是要禁止黨政“一把手”直接負責基建工程。要調動一切監督力度，增加透明度，確保權力在眾目睽睽之下運行。要通過積極推進政治體制改革，嚴格限制掌權者的任職時間和崗位輪換制度，防止“老同志”演化為“老爺子”而無法無天，胡作非為。