據臺軍方內部表示，馬對兩岸關系的和緩深具信心，但建軍不松懈，并偏重于陸軍的“決戰本島”，和建立第二擊報復武力為主，軍方未來的部署也將重北輕南，北部是臺灣政軍經的頭腦，“愛國者反導彈系統”、陸海空重心都將以保衛臺北為第一任務；對應于中國大陸導彈精準度提升，兩岸一旦開戰，北、中、南軍團根本無法相互支持，各軍團獨立作戰勢在必行，而北臺灣自然會成為最重要的戰力部署。

軍方內部認為，馬的戰略布局較扁和李登輝時代“決戰境外”的思考更為務實，不至于因大陸崛起，而陷入武器競賽的泥淖，而拖垮臺灣經濟。

因此，臺灣的巡航導彈、中程彈導導彈及遠程多管火箭的研制與量產將是馬英九第一任內的主要國防突破，從第二擊報復力量中，增加臺灣不對稱戰力的籌碼，對美的軍事采購也將側重反彈導的愛國者飛彈及爭取德國潛艦為主。

北京方面，也意識到臺北短期內即將擁有反擊的武力，因此公布反彈導系統的成功測試，除軍事力量的宣示外，最重要還是對臺的政治喊話。