大陸海協會會長陳云林同臺灣海基會董事長江丙坤于2009年12月22日正式簽署《海峽兩岸漁船船員勞務合作協議》等三項新協議，協議將自簽署日起各自完成相關準備后生效，最遲不超過90天。雙方還同意將兩岸知識產權保護列為第五次會談商談議題，繼續共同推動兩岸文化教育交流合作。另外，雙方也將商簽兩岸經濟合作框架協議(ECFA)列為明年會談的重點推動議題，將盡快安排兩會框架下的專家級商談。

此次會談，雙方還討論了已經簽署的九項協議在實際執行中遇到的有關問題，包括兩岸空運、海運直航與實際需求的差距、大陸游客來臺規模與預期不符、重大經濟犯遣返等。此外，雙方對創建兩岸防御重大自然災害的協作機制與平臺，包含災害的預報、預警及監測，加強信息分享與交流也進行了探討。

此次簽訂的《海峽兩岸漁船船員勞務合作協議》，將有助于維護海峽兩岸漁船船員、漁船船主的正當權益，促進兩岸漁船船員勞務合作的開展。協議明確了兩岸開展漁船船員勞務合作的合作范圍和具體合作形式，對漁船船員和船主在工資、福利、監督責任等方面的權益保障做了細化規定，為建立兩岸應對突發事件和重大安全事件的溝通協調機制做了制度安排。協議還在附件中對于兩岸漁船船員在證件查驗、轉船手續、近海船員登船港口等實務操作方面做了具體規定。