非公有制經(jīng)濟(jì)產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)也依然存在著層次不高等問題，突出表現(xiàn)為傳統(tǒng)制造業(yè)和第三產(chǎn)業(yè)比重高，現(xiàn)代服務(wù)業(yè)、金融保險業(yè)、壟斷行業(yè)比重低；流通服務(wù)型企業(yè)多，生產(chǎn)型企業(yè)少。多數(shù)非公有制企業(yè)仍處在以資源開發(fā)和勞動密集型為主的產(chǎn)業(yè)鏈下端，比如內(nèi)蒙古70%以上的非公有制企業(yè)不具備自主研發(fā)能力，80%沒有設(shè)立研發(fā)機構(gòu)，這在相當(dāng)程度上影響了非公有制企業(yè)核心競爭力的提高

進(jìn)入新世紀(jì)以來，我國非公有制經(jīng)濟(jì)取得長足發(fā)展，成為推動國民經(jīng)濟(jì)持續(xù)穩(wěn)定發(fā)展的一支重要力量。在科學(xué)發(fā)展觀指導(dǎo)下，非公有制經(jīng)濟(jì)不斷進(jìn)行產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整，使之逐步優(yōu)化升級。以內(nèi)蒙古為例，在全區(qū)私營企業(yè)中增長最快的是金融業(yè)，同比增長72.27%，其次是農(nóng)林牧漁業(yè)，同比增長36.61%。外商投資企業(yè)主要分布在第三產(chǎn)業(yè)，占外商投資企業(yè)總數(shù)的81.19%。外商投資企業(yè)以從事信息傳輸、計算機服務(wù)和軟件制造業(yè)居多，占外商投資企業(yè)總數(shù)的55.86%。個體工商業(yè)主要分布在批發(fā)和零售業(yè)、居民和服務(wù)業(yè)、住宿和餐飲業(yè)、交通運輸和倉儲業(yè)、郵政業(yè)等領(lǐng)域。私營企業(yè)主要分布在批發(fā)和零售業(yè)、制造業(yè)、租賃和商務(wù)服務(wù)業(yè)等領(lǐng)域。

但是，與此同時，非公有制經(jīng)濟(jì)產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)也依然存在著層次不高等問題，突出表現(xiàn)為傳統(tǒng)制造業(yè)和第三產(chǎn)業(yè)比重高，現(xiàn)代服務(wù)業(yè)、金融保險業(yè)、壟斷行業(yè)比重低；流通服務(wù)型企業(yè)多，生產(chǎn)型企業(yè)少。多數(shù)非公有制企業(yè)仍處在以資源開發(fā)和勞動密集型為主的產(chǎn)業(yè)鏈下端，比如內(nèi)蒙古70%以上的非公有制企業(yè)不具備自主研發(fā)能力，80%沒有設(shè)立研發(fā)機構(gòu)，這在相當(dāng)程度上影響了非公有制企業(yè)核心競爭力的提高。

造成非公有制經(jīng)濟(jì)產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)層次不高的主要原因有：一是由于中小企業(yè)居多，經(jīng)濟(jì)實力較弱，加之金融機構(gòu)貸款門檻較高，所以很難進(jìn)入資本市場融資，主要靠自我積累、民間借貸和小額貸款，融資成本較高。比如2009年底，內(nèi)蒙古全區(qū)小企業(yè)新增貸款236.1億元，占全部企業(yè)新增貸款的18.2%。目前，鄂爾多斯市民間借貸資金總量達(dá)300億-500億元，絕大多數(shù)中小企業(yè)依賴民間借貸，僅有1/3來自金融機構(gòu)貸款。“融資難”成為約束產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)優(yōu)化提升的瓶頸之一。二是針對非公有制企業(yè)的政策性、體制性限制因素仍然較多。比如在鐵路、城市供水、供熱、供氣等行業(yè)，壟斷經(jīng)營仍普遍存在，還沒有形成平等的市場競爭環(huán)境，影響著非公有制經(jīng)濟(jì)的產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整。三是多數(shù)非公有制企業(yè)實行傳統(tǒng)家庭式管理，實現(xiàn)現(xiàn)代企業(yè)制度的為數(shù)不多，治理結(jié)構(gòu)不完善，影響了產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整。