從以上比較中可以看出，閩臺兩地港口體制明顯不同：

一是臺灣港口在職能事權上高度集中，體制上由交通主管部門垂直管理，涉及港政、航政的業務權限全部由省一級層面管理，確定了港口為全島服務。相應的，也基本確定了港口腹地劃分和各大港口之間的分工合作關系，最大限度地保證省一級的總體利益格局，避免了各港之間的無序開發和競爭。而福建涉及港口職能事權相對分散，目前，除湄洲灣港為省級管理外，其他各港都是由設區市政府為主管理，這有利于充分調動各地政府建設港口、帶動地方經濟發展的積極性，有利于協調解決港口在發展中用海、用地征遷遇到的問題。但是，這并不能更好地發揮港口整體優勢，也不利于省一級統籌規劃、合理布局、集中配置，容易導致各港結構、功能雷同、互相競爭，難以形成在全國乃至國際上有影響力的大港。

二是臺灣港口管理機構職能面較廣，把涉及港口的所有職能歸并在一個港口機構主體內，便于互相配合、支撐，形成合力，集中行政資源，推動港口發展。而福建港口管理機構職能面較窄，海事、救助、港區水面監控等事權均不涉及，船舶檢驗、登記注冊和船員管理也不涉及。這使得福建港口機構職能不全，對港口協調、發展、監管、運營的支撐力度明顯不足。

三是臺灣港口規劃建設的港區較為集中，形成整體、連片、規模化，體現了港口規劃的合理和科學，便于港口支持系統的配置和功能發揮。福建港口正相反，從北到南設置7個港、23個港區、60多個作業區，除了廈門港在廈門灣內、湄洲灣港在湄洲灣內港區較為集中外，其他每個港的港區都較為分散，不容易形成集中的物流中心，且港口的支持系統均要分別設置，造成支持系統不配套，難以形成合力，浪費也大。

四是臺灣港口機構（港務局）承擔港口生產、裝卸以及船舶服務業、港口服務業職能，包括裝卸、船代、貨代、港口代理、港口供應等一系列企業生產內容。而福建港口機構所屬的主要港口已實現政企分開。隨著現代社會投資多元化、經營多元化及物流業興起，臺灣港務局這種模式不利于大的港口投資者前來港口投資。臺灣交通主管表示，2011年四大“國際商港”實行公司化，將港口生產、經營與港口行政管理、公共基礎設施建設維護、航運監管等進行分離。

通過對閩臺兩地港口體制的比較分析，筆者認為，福建港口整合是海峽西岸經濟區依托港口資源優勢，加快臨港經濟發展的現實和必然選擇。當前，全國各大港口及其所帶動的臨港經濟高速發展的現狀表明，港口競爭不僅是港口城市之間的競爭，而且已經成為各省之間依托大港口而進行的競爭。沿海省份的港口整合，無不圍繞著做大做強大港口而進行。福建的港口，如果仍然停留在目前這種沿海各市之間以港口為依托相互競爭，特別是近鄰城市之間以港口為依托的競爭，勢必在腹地劃分、結構、港口功能、物流樞紐等方面形成隱性的內耗，這種港口發展和競爭方式是低層次的。港口越小越分散，越不容易帶動發展，并很可能逐步弱化為海峽東岸臺灣大港口或鄰省大港口的支線、喂給港。因此，必須下大決心從大局著眼，加快港口發展方式轉變，依托三大港口布局規劃全省的港口發展，加快福建港口體制整合，推進海峽西岸經濟區建設。

港口發展要增加集中度，港區不能分散。港口是陸路物流、人流與海運相互轉換的平臺，是外貿運輸的主要節點。港口的性質決定它是一個點，而不是面，更不是分散的線，它不能到處布局，一般應比較集中地設置在集疏運體系較合適的港灣的核心區，且不應該太分散，要集中規劃，從全省角度整體布局，港口不能太多。從海峽西岸港口服務中西部的經濟發展出發，集裝箱干線港僅能布局兩個，其他應布局為支線港，大型散貨中轉港也不宜太多。總之，港口不應設置太多，否則分散了物流，難以形成港口的轉換樞紐節點。

要妥善把握開放口岸和港口集中的關系。海港的口岸對港口的發展十分重要，外貿開放口岸設置太多，可能導致港口不集中，造成口岸貨檢通關、旅檢的資源配置分散，反而到處通關不方便。一般而言，就像空港口岸隨機場而設置，海港口岸一般隨著港口而設置，而不是隨行政區劃設置。