其次，滯后的人員編制管理對深入推進事業單位人事制度改革造成了極大困難。由于編制管理滯后，改革中產生了許多問題和矛盾。在崗位設置方面，如何解決工作所需的“編外”人員定崗，已經成為設崗工作的一大難題；在人員聘用方面，由于編制額的限制，許多單位合理的人員招聘受到限制；在工資報酬上，“編內”與“編外”人員同崗不同酬的現象十分普遍，有的同崗不同酬的差別達到了1倍甚至數倍，內部職工福利待遇也有差異；在合同簽訂方面，“編外”人員合同簽訂極不規范，甚至不予簽訂合同，給規范用人，保障勞動者合法權益帶來很大困難；在職業發展方面，有的單位對“編外”人員設置許多發展限制，不考慮提職普升和職稱評定，等等。這些問題已經嚴重妨礙了事業單位人事制度改革的順利進行。

再次，滯后的人員編制管理可能影響到事業單位社會養老保障制度的順利實施，引發新的社會不公平。目前，事業單位工作人員社會養老保險制度改革試點正在啟動。試點過程中將不可避免地面臨如何解決事業單位眾多“編外”人員養老保險的問題。這其中如“編外”人員是否適用養老保險政策、單位是否為“編外”人員繳費、“編外”人員個人養老金依據什么計算等問題。由于許多單位對編制內外人員實行區別管理和差別管理，因此，能否在養老保險政策上一視同仁，將是一個不可忽視的社會公平和基本民生問題。此外，由于因編制所產生的待遇差異問題，還不時引發上訪事件。

事業單位人員編制改革既面臨編制需要合理增加，又面臨編制需要合理減少的問題。如一方面，隨著城鄉一體化的推進和外來務工人員的不斷增加，大多數沿海農村醫療衛生機構業務量急劇增長，但人員編制卻沒有得到及時擴充，致使農村醫療衛生工作不能適應新形勢需要。沒有空編，無法招聘人員；因為缺編，被迫普遍采取留用退休人員或者招收臨時人員。另一方面，隨著《公務員法》的出臺，行政編制收緊，事業單位編制成為緊俏“商品”，因而成為某些公權力掌握者權力尋租、違規用人的腐敗溫床。人情戶、關系戶等違規超編進人現象經常發生。