繼續開展孕產婦住院分娩補助項目，從2009年起，在全國對農村1186萬名孕產婦住院分娩實施補助。實施農村婦女宮頸癌、乳腺癌檢查項目，2009至2011年，為1000萬農村婦女進行宮頸癌檢查，對其中120萬人進行乳腺癌檢查，提高農村婦女“兩癌”早診早治率，降低死亡率，此項工作于2009年在全國200個左右縣啟動試點。實施農村育齡婦女增補葉酸預防神經管缺陷項目，從2009年開始，每年計劃為1186萬左右農村育齡婦女孕前3個月和孕早期3個月免費補助葉酸，降低神經管缺陷發生率。

實施為15歲以下人群補種乙肝疫苗項目，年底前各省均能完成乙肝疫苗第一針次的接種。

繼續開展消除燃煤型氟中毒危害項目，2009年中央財政補助3.48億元，安排改爐改灶87萬戶，在今后2年內將繼續安排改爐改灶任務。2004年—2009年間，共計改爐改灶478萬戶，占全國應改爐改灶的78.4%。

截至2009年10月30日，全國“百萬貧困白內障患者復明工程”項目已完成129929例次手術，項目執行進度64.96%。

2009年，中央支持在全國除上海以外的30個省、自治區、直轄市和新疆生產建設兵團進行411.37萬戶農村無害化衛生廁所建設，對30000處農村飲水安全集中供水工程進行水質衛生監測。各地基本能夠按照《2009年農村改水改廁管理方案》的要求，在規定時間內完成項目任務。

——有效控制傳染病流行。應對甲型H1N1流感聯防聯控機制，提出高度重視、積極應對、聯防聯控、依法科學處置的原則，最大程度減緩了疫情擴散，最大限度減少了重病和死亡病例的發生，有效減輕了疫情對人民群眾健康的危害，成功保障了新中國60周年慶典活動的正常進行和第十一屆全國運動會的順利舉辦，有力維護了經濟發展、社會穩定和正常的生產生活秩序。

截至2009年8月底，全國艾滋病抗病毒治療工作已覆蓋31個省的1738個縣（區），累計治療艾滋病病人72056例，艾滋病患兒1615人；今年1—8月，共有約101萬人在自愿檢測咨詢點接受了艾滋病自愿咨詢檢測服務；90%以上的艾滋病致孤兒童得到救助和上學支持；在全國24個省（區、市）開設639個美沙酮社區維護治療門診，累計治療吸毒者221331人。