海交會是祖國大陸最早舉辦的兩岸經貿展覽會之一，是兩岸交流和對臺經貿政策先行先試的重要平臺，歷史上曾創造了諸多“第一”：

1999年，福州國際招商月首次冠名“海峽科技文化博覽會”，第一次確定了“海峽”主題，成為大陸最早舉辦的兩岸經貿展會之一。

2000年，臺北電腦同業公會首次組團參展，在展館特設臺灣資訊館。

2001年，馬祖展區首次亮相海交會，成為一大亮點。　　

2003年，在抗擊“非典”、各地經貿會展活動相繼取消的特殊時期，第五屆海交會如期順利舉辦。

2004年，澎湖地區首次組團參展。

2005年，首次組織臺灣農產品參展，并實現臺灣水果首次“零關稅”直航福州。

2006年，一系列惠臺先行先試政策在第八屆海交會上取得進展：率先擴大臺灣農產品準入及“零關稅”種類和范圍，直航的臺灣水果從18種增加到22種；率先恢復啟動兩岸漁工勞務合作；率先實施臺灣居民在大陸申辦個體工商戶；國家政策性銀行首次向在閩臺資企業、臺商投資區發放開放性貸款。