此次湖南會戰，除第九戰區外，還從第三、第六戰區抽調兵力。由于參戰系統不一，容易出現多頭指揮。除蔣介石越級指揮外，侍從室主任林蔚也常以蔣的名義發號施令。薛岳作為第九戰區司令長官在其防區內自有調兵遣將之權。李玉堂等集團軍主官也可名正言順地指揮其下屬。衡陽會戰期間，蔣介石指派軍委會副總參謀長白崇禧前往桂林，協調指揮衡陽一帶戰事。白崇禧在戰略方針上本與軍令部長徐永昌意見不一，薛岳的作戰意圖亦與白崇禧不同。在這種不統一、也不專一的多頭指揮之下，難免前后矛盾，左右失調，令作戰部隊無所適從。以第六十二軍為例，該軍屬余漢謀第七戰區建制。長沙告急后，蔣介石電令余漢謀調第六十二軍擔任衡陽外圍作戰任務，歸第二十七集團軍副總司令李玉堂指揮。據該軍軍長黃濤晚年回憶，該軍在衡陽參戰期間，重慶軍事委員會侍從室主任林蔚常以蔣介石的命令直接指揮；薛岳也以第九戰區司令長官名義來指揮；李玉堂又以第二十七集團軍副總司令名義來指揮。第六十二軍處于多頭指揮而又命令不一的情況下，只好以軍事委員會蔣介石的命令為行動依據，直接與侍從室主任林蔚密切聯系；有時故意藉蔣介石的命令去抵制第九戰區司令長官薛岳的調遣，薛岳亦無可奈何。

由于參戰系統有別，多頭指揮無所適從，部隊長官驕不從命，地方部隊保存實力等諸多因素，致使參加會戰各部隊之間步調不齊，協同作戰能力差。戰場指揮官缺乏自動與鄰接部隊聯系策應的習慣。第十軍苦守衡陽40余日，而前往解圍的野戰軍如與城內守軍適時配合，或可收內外夾擊之效，無奈當內圍突出時，外無援應；當外圍進擊時，內徒固守。另一方面，前往解圍的各部隊之間缺乏聯絡，步調不一。各軍逐次前往解圍，此去彼來，未能集中各軍優勢兵力與日軍決戰，結果坐失良機，陷于被日軍各個擊破的敗局。

四 官兵素質與戰斗力

湖南會戰歷時三個多月，雙方參戰人數，國軍先后投入16個軍、40多個師，35萬~38萬人；日軍先后投入10個師團，25萬~28萬人。雙方傷亡人數，據日軍方面的統計，國軍死亡66468人，被俘27447人，傷病132485人，合計226400人；日軍傷亡6萬多人。《湖南會戰》下冊，第71頁；《日本帝國主義侵華資料長編》（下），四川人民出版社，1987，第314頁。而國民政府軍令部的統計，國軍傷亡90557人（死49370人），日軍傷亡66809人。