閩臺神緣一脈傳承，包括媽祖、關帝、保生大帝、臨水娘娘在內的臺灣各大民間信仰都是分靈自福建；兩岸宗教特別是佛教、道教，更是同宗同源，法乳一脈。二十幾年來，“兩岸同燒一炷香”的默契感越來越強，閩臺之間絡繹不絕的宗教及民間信仰交流交往，成為聯系兩地民眾的感情紐帶，不斷推動著閩臺民眾的感情溝通和商貿往來。閩臺宗教文化交流互動，在海峽兩岸文化交流中扮演著重要角色。

“靈妃一女子，瓣香起湄洲”，臺灣民眾最為信仰的神祇媽祖出生于福建莆田湄洲島。臺灣較早的媽祖廟，其大多數是由湄洲祖廟分靈至臺。截至目前，臺灣共有大型媽祖廟500多座，信眾占臺灣人口的2/3。早期的媽祖廟，在例定誕辰日有“遙拜”儀式，即在行“三跪九叩”禮節時，一律面向莆田湄洲祖廟施行。如今，每年有近10萬人次臺灣媽祖信眾赴湄洲媽祖祖廟謁祖進香，湄洲媽祖祖廟董事會也多次組織團隊赴臺進行媽祖文化交流，媽祖文化已成為溝通兩岸同胞，發展兩岸關系的橋梁和紐帶。

東山與臺灣隔海相望，是大陸沿海距澎湖最近的地方，東山關帝廟是臺灣900多座關帝廟的祖廟。明嘉靖四十年(1563)明政府重設澎湖巡檢司，派兵駐守。明萬歷二十年(1592)明政府增設“澎湖游兵”，調銅山水寨等官兵分班輪戍，銅山水寨官兵胸前都掛著“銅陵關圣帝君”祈求平安。部分官兵留居臺灣本島和澎湖，成家立業，這些人奉祀關帝香火于居留地建廟，作為保護神。隨著東山關帝廟分靈到臺灣，關帝文化也相繼傳入。

保生大帝是兩岸人民共同供奉的醫藥神。明末清初，移民到臺灣的漳、泉百姓都攜保生大帝的神像同往，既保佑他們平安渡過臺灣海峽，又保佑他們在創業道路上能戰勝疾病等自然災害。所以，各地的保生大帝廟信眾甚多，僅臺灣就有400余座保生大帝廟。

陳靖姑信仰漂洋入臺與福州地區百姓移民臺灣密不可分。隨著福州人入臺定居數量增多，更由于缺醫少藥的嚴酷現實，為祈求女神護佑婦孺，臨水宮在臺灣各地應運而生。臺南白河鎮南臺臨水宮建于清初順治年間，被認為是臺灣開基臨水宮。此后，臨水夫人作為扶胎保育女神的信仰在臺灣島逐漸傳播開來，漸漸也為當地百姓所普遍信奉。