廣大臺商來閩投資，農業是優選項目之一。福建、臺灣一水相連、同根同源、地理相近、文化相同、氣候相似，閩臺農業合作具有得天獨厚的區位優勢。閩臺農業合作由來已久，早在明清時期，隨著福建居民向臺灣遷徙，福建的農業品種和生產技術也引入臺灣，成為臺灣早期農業開發和發展的基礎。

１９９７年７月，國家外經貿部、農業部、國臺辦批準福州、漳州設立全國首批“海峽兩岸農業合作實驗區”。從此，閩臺農業合作成為福建農業發展的一大特色、一大優勢。２００５年７月１８日，在上海舉行的建設海峽兩岸福建農業試驗區新聞發布會上，國家農業部、商務部、國臺辦正式宣布設立“海峽兩岸福建農業合作試驗區”，合作試驗區從福州、漳州兩市擴大到全省。2008年福建省又增設了漳平(永福)臺灣農民創業園，廈門中埔臺灣水果銷售集散中心、寧德霞浦臺灣水產品集散中心、海峽兩岸(福建東山)水產品加工集散基地。2009年5月，首屆海峽論壇上傳來振奮人心的消息，福建省的三明市清流縣和莆田市仙游縣被增列為國家級的臺灣農民創業園。無數的示范基地，充分發揮了窗口示范輻射的作用，它們已經成為閩臺農業合作的重要載體，為臺商到閩投資農業提供了合作平臺。