體制不配套

由于我國車改不是自上而下地進行，這種下邊車改上邊未改的狀況，出現了一些體制性的摩擦。

稅收問題。因公車屬于執行公務中的行政性消費，未進行車改的地區或部門，公車消費是免稅的，而車改后獲得貨幣化交通補貼的公務人員，因收入增加卻要交納個人收入調節稅，增加了車改后公務人員交通費支出成本。

公車指標配置問題。未進行車改的地區和部門公車報廢或重新購置，可以享受上級部門或財政撥付的公車配置指標及經費待遇，而車改后的地區和部門卻不再享有這些待遇。

價格補貼問題。在油價上漲時期，未進行車改的地區或部門，可以享受到政府的價格補貼，而車改后獲得貨幣化交通補貼的公務人員就得不到這種價格補貼。

工資津補貼科目限制問題。2007年我國規范公務員津補貼以來，因財政部門對各地區、各部門津補貼項目和額度等出臺了限制性規定，致使未進行車改的地區和部門無法再操作貨幣化后的交通補貼項目，也致使車改后的地區和部門難以操作因經濟發展變化需要調整的交通補貼標準。