以上即為一個中國原則的基本法理內涵，它既體現了國際法的一般原則，又體現了兩岸各自“憲法”的基本精神。但是，它所反映和規范的，基本是雙方處于“漢賊不兩立”、相互以軍事上政治上完全消滅對方為目標下的兩岸關系狀態。實際上，自1979年大陸確立和平統一目標起，雙方如何相互定位、如何恰當界定臺灣當局在國際法上的地位問題，就成為古今中外無例可循的一個獨特個案，國際法上有關“交戰團體”、“政府承認”、“繼承理論”等等均無法有效而準確地處理此一問題。很顯然，這一問題已經超出于單純的法理范疇，成為法律與政治交織、需要雙方發揮高度政治智慧予以處理的問題。

在臺灣方面，為因應“國家遭逢重大變故，在憲法規定的國土上出現另外一個統治當局”，于1991年“修憲”時在“憲法增修條文”中將領土區分為“大陸地區”與“臺灣地區”，認定中共為實際治理大陸地區的統治當局，并據此制定了《臺灣地區與大陸地區人民關系條例》。馬英九在上引各項談話中，提出“雙方要正視現實，做到互不否認”，“兩岸處理這項問題，可以在法理層面上相互不承認，在務實層面卻互不否認”；“如何互不否認，則有待透過雙方的互動與實質交流加以認定”，“讓雙方在國際社會都有尊嚴，這是我們的目標”。

在大陸方面，則在2005年制定的《反分裂國家法》中，將一個中國原則的表述調整為“世界上只有一個中國，大陸和臺灣同屬一個中國，中國的主權和領土完整不容分割”，為在隨后邀請連戰來訪時不再否定對方“一中各表”，承諾未來協商解決臺灣參與國際活動問題。對于“大陸和臺灣同屬一個中國”，對兩岸關系瞭解不深的人們看到的或許仍然單純是法律在領土意義上的界定與重申，其實它更多地是反映了大陸對以往三十年對臺工作全部歷史經驗的總結與對兩岸政治關系的新的認知，體現出雙方長期折沖互動過程中所反應出來的許多現實道理，內涵豐富而深刻。

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