資源環境是歷史發展的經濟基礎之組成部分，是區域競爭力的重要要素之一。國家提出進行主體功能區規劃，也主要是基于對資源環境問題的考慮：一是耕地減少過快，全國耕地保有量已逼近農產品供給安全的警戒線；二是生態系統整體功能退化，越來越多的區域成為不適宜人類生存的國土空間；三是經濟布局與資源環境失衡，一些地區超出資源環境承載力過度開發，面臨水土資源和能源嚴重短缺以及環境危機。為此，福建進行主體功能區規劃時，應重視資源優化高效利用、生態環境保育和實施規劃的保障措施問題。

    主體功能區規劃中關注資源環境因素，不是限制發展，而是為了有效解決資源環境問題對發展的影響，實現更好地發展。資源環境承載力和區域整體生態安全是主體功能區劃分及其規劃方向的重要依據。資源的優化高效利用和生態環境保育是推進形成主體功能區的重要工作和重點內容之一。因此，要圍繞推進形成主體功能區的戰略目標，即構筑協調、和諧、可持續的國土空間格局，實現經濟持續增長，城鄉區域差距縮小，可持續發展能力和國際競爭力增強四大目標，來考慮資源環境因素。要通過劃分和推進建設四類主體功能區域，即以提升國家競爭力為首位目標的優化開發區，以集聚經濟和人口、推進城鎮化和工業化為首要任務的重點開發區域，以保障國家生態安全為首要任務的限制開發區和以保護自然文化遺產為首要任務的禁止開發區，從國土空間布局、建設和管理角度，協調經濟發展、資源優化利用和生態環境保育之間的矛盾，實現又好又快發展。

    福建主體功能區規劃應考慮以下幾個方面的資源環境因素：

    一要充分考慮海峽西岸這一特殊的地緣政治、地緣經濟和地緣文化環境，在資源環境承載力允許、生態安全保障和不斷提高環境質量的前提條件下，充分利用兩岸及國內外資源，為海峽西岸人口與產業集聚規劃開發空間。

    二要充分認識福建地理環境對外相對獨立、區內密切關聯的特征，把福建作為一個整體，貫徹優化結構、協調開發的原則，來劃分和規劃不同類型的主體功能區。

    三要高度重視福建多山丘、少平地、土地資源緊缺、宜于開發的土地十分有限的問題，把節約用地、集約開發作為主體功能區規劃的首要原則。根據福建適于開發的土地資源在沿海集中連片、在山區呈小斑塊零散分布的特點，進行集中性開發區布局。

    四要突出森林生態系統的保育。由多山地丘陵、多季風暴雨、土層相對瘠薄和生命物質多集中于植物活體地上部分所交織構成的生態環境特殊脆弱性，使常綠闊葉林生態系統的保育和重建成為福建生態安全和穩定的中心環節。因此，福建主體功能區規劃要劃出足夠面積、布局合理的以森林生態系統為主體的生態保障區域（限制開發區和禁止開發區），突出森林生態系統的保育。

    五要特別注意由腹大口小的海灣和河口所組成的海岸帶。這是福建海陸之間自然和社會經濟密切關聯和交流的界面，其優越的港口資源的開發和生態環境的保育是福建山海協調互補和社會經濟可持續發展的保障。在主體功能區規劃中，應特別注意腹大口小的海灣所決定的環境自凈能力差、海灣環境容量相對較小的問題，海港開發與海洋的其他利用、海洋自然生態系統保護的協調問題，以及海陸域資源環境的協調平衡問題。

    六要突出福建沿海的區域生態建設的重點。根據資源環境條件和現實的社會經濟基礎，福建沿海將成為城市、人口、工業和第三產業集聚的產業走廊帶，在主體功能區規劃中，這一區域生態建設的重點是率先建立協調發展的生態效益型經濟體系、自然和諧的人居環境體系和景觀優美的綠色生態走廊。

    七要把解決水資源的問題作為戰略性問題加以考慮和解決。福建水資源豐富，但時空分配不均，導致主要水源形成區和主要開發用水區的空間分離，區域經濟發展與水資源區域分布不匹配。隨著工業化和城鎮化的發展，枯水季節水資源供需矛盾將更加突出，不少地方同一水域取水和排污的矛盾將十分尖銳，水質性資源短缺將上升為突出問題。這些問題應在主體功能區規劃及其形成中作為戰略性問題加以考慮和解決。

    八要逐步建成自然保護群網體系。福建生態系統復雜，生物種類繁多，武夷山區域是我國陸域11個具有全球意義的生物多樣性保護關鍵地區之一，近岸海域是我國列入國際重要濕地的主要海洋濕地組成部分。多年來，福建是全國生態環境質量最優的省份之一，各級自然保護區、森林公園、地質公園建設和文化遺產保護成績突出，但保護區面積較小且布局分散成島狀分布，未能充分發揮生物多樣性保護的作用。在主體功能區規劃中，應考慮補充自然保護區和森林、濕地公園建設的備用節點區域及把自然保護區連接成網的廊道區域，并把這些區域一并列為禁止開發區，在主體功能區建設中逐步建成自然保護群網體系，為中國和全球生物多樣性保護，為福建的子孫后代提供新的、高價值的生物資源進行開發利用做出應有的貢獻。

    九要在主體功能區規劃中應劃出關系福建國土生態安全的關鍵區域，以構成福建國土生態安全控制區格局。在關鍵節點和區段，建立重要生態特別管理區，如飲用水源集水流域特別保護區、自然保護區及其之間的生態廊道構成的自然保護區群網、重要的生命線工程安全保護區等，為其制定相應的生態環境標準、建設方向和管理辦法，落實建設管護措施、管理部門和建設職責。