從1919年5月至7月間列寧發給斯大林的電報來看，斯大林被派到彼得格勒去不是為了解除該城的被圍，而是為了去鎮壓那里的軍中騷亂和社會上反對蘇維埃政權的破壞活動。列寧在5月27日給斯大林的電報中稱這些活動為“有組織的背叛”，因此他指示斯大林：“請求您要對這些情況加強關注并采取揭露這些陰謀的緊急措施?！?/p>

斯大林到彼得格勒后采取了緊急措施，其中包括遣散所有的大使館和外國人。但是，在所揭發的陰謀中，斯大林卻把矛頭指向了共和國革命軍事委員會和托洛茨基的人，甚至中央和列寧。1919年6月4日，斯大林在給列寧的電報中明確指出，陰謀的后臺就是總參謀部和野戰司令部，也就是共和國革命軍事委員會。

列寧對斯大林利用自己懲治對方一派的做法甚為擔心，數次給斯大林電報要他做好軍隊的團結工作。斯大林“拿下”“紅色哥爾卡”和“灰馬”兩炮臺并沒有徹底解決蘇維埃共和國來自海上的威脅。

斯大林在戰斗中不惜炮彈，不惜代價，這種浪費彈藥的作戰也遭到了列寧的批評：“您應該竭盡全力地節約炮彈，以及其他的彈藥。”這一切表明，斯大林對艦船制造總局的反對實質上并不是為了真正去發展海軍，而是借此去懲治反對他的人。1919年7月3日，也就是在斯大林剛剛回到莫斯科后，俄共（布）中央改組了共和國革命軍事委員會。新的共和國革命軍事委員會將要全面主持包括南方戰線在內的作戰事務，托洛茨基和斯大林的矛盾又在所難免，托洛茨基突然提出辭呈。7月5日，俄共（布）中央組織局和政治局聯合作出決議：“中央組織局和政治局堅信，在目前情況下托洛茨基同志辭職絕對不行，那將對共和國貽害無窮……組織局和政治局既不接受托洛茨基同志退出政治局的要求，也不接受他辭去共和國革命軍事委員會主席（陸海軍人民委員）職務的要求?！?/p>

在這場最高領導人的爭斗風暴中，唯一受損的是總司令瓦采季斯。在7月3日改組共和國革命軍事委員會的決議中，他被免去了總司令一職：“授予瓦采季斯名譽軍事職務并給予優厚的薪金。具體任命由政治局批準?！钡?天后，即7月8日，情況發生了逆轉，由列寧手書，捷爾任斯基、克列斯廷斯基、列寧和斯克良斯基四人聯合簽名的一封信件決定了瓦采季斯的命運，這個信件是專門發給托洛茨基的：“多莫日羅夫的叛變活動已被徹底查清，他對此供認不諱，供出了有關一次密謀活動的事實。伊薩耶夫積極參與了這一密謀活動，長期以來他一直擔任總司令分配的工作，與總司令住在一套房子里。多莫日羅夫還供出了許多其他罪證以及揭露總司令了解這個秘密活動的一系列材料。必須逮捕總司令?！庇谑牵卟杉舅贡淮?、送進了監獄。

所有這些事件是年輕的蘇維埃共和國在政治層面上所遭遇的困難，但它們卻深刻地影響到了這一時期軍事工業的發展。由于國內戰爭主要是在俄羅斯本土進行，因此保證野戰部隊的急需是當務之急。而斯大林在動用波羅的海部分艦船時，其希望也不完全在于振興艦隊和海軍，所以，以炮兵總管理局為核心的“陸派”勢力強大，當時軍事工業就仍然以很大的力量集中于彈藥的生產、訂貨和分配上，并且其主要的生產基地就是彼得格勒的各個工廠。1919年6月18日，特供委員會的會議紀要就反映了這一事實和趨勢：

“承認給予彼得格勒工廠的所有國防訂貨都是必需的，經研究，決定將這些訂貨按照其完成情況分為兩類，即：劃歸第一類的訂貨為，對于國防有特別重大意義，應該無條件地、持續進行下去的訂貨和對于國防的重大意義次之，但可以在最短期限內，即在一個半月內能全部或部分完成的訂貨；劃歸第二類的訂貨為，對于國防的重大意義次之，但不能在上述期限內完成的訂貨；以及根據其對國防的重要程度或暫?；蛉∠挠嗀洝５谝活惖挠嗀浛康诙悂硗瓿伞！?/p>

這份紀要表明蘇維埃共和國的軍事工業的發展又前進了一步。在軍事工業優于民用工業的嚴格劃分下，軍事工業的訂貨又按照對于“國防的重大意義的程度”進行了劃分。這使訂貨制度成為軍事工業發展的基礎，而這在那個時期“國防的重大意義”則完全取決于國內戰場上的軍事進展情況。隨著訂貨的分類，蘇維埃俄國的指令性生產原則——國家訂貨制形成并快速發展。

根據這份紀要，海軍和空軍總管理局的工廠也要實行兩類訂貨制：“請海軍部門代表和格羅曼同志在6月23日星期一前對在海軍訂貨方面的問題作出答復”，“建議航空制造總管理局的代表也要在這一時期前與紅空軍總管理局談妥所有訂貨的事。至于海軍飛機，則與海軍航空總管理局在一周內商定?！?/p>

在全力保證作戰所需的彈藥外，海軍和空軍的訂貨在這一時期并沒有獲得實質性的進展。斯大林堅持要擴建的波羅的海艦隊沒有能完成：“斯維特蘭娜”輕型巡洋艦直到斯大林開始執行第一個五年計劃時才建造完畢；驅逐艦和掃雷艇也是這一時期完成建造。這些艦船到20世紀30年代才成為波羅的海艦隊的核心艦船。