較為繁多的審批許可、過于嚴雜的監督管理、體制上普遍的尋租設計，與收費和罰款相結合，給中國經濟和社會帶來一系列嚴重的問題。其危害主要體現在以下幾個方面。

第一，這種體制實際上給中國的創業、企業經營和就業等造成了重創，使創業和企業經營環境變差，就業越來越困難。中國目前資本密集型的企業稅費負擔較輕，而勞動密集型的個體經營、微型和中小企業稅費負擔沉重，由此造成了比較嚴酷的創業和經營環境。

第二，農業剩余勞動力向城鎮的轉移，通過個體、微型和中小企業充分發展而吸收容納的能力很低，導致我們人均ＧＤＰ在２０００—３０００美元發展階段上；就業結構中近４０％的勞動力窩在農業領域中，并且只創造了１０％多一點的生產總值，而服務業就業的比例卻只有３０％多一點。東亞日本、韓國以及中國臺灣地區，主要是城鎮中的中小企業吸收了結構轉型中的農業剩余勞動力。

城鎮中個體、微型和中小企業數量少，由此帶來一系列的問題：因剩余勞動力無法轉移而無法發展現代規模農業，農業勞動生產率很難提高；農民因無法向城鎮轉移居住，在農村中需要越來越多的宅基地，村莊擴大占用和浪費了不少耕地；人口在農村分散居住，城鎮中因人口不能相對集中，第三產業難以發展；低附加值的農業中剩余了大量的勞動力和人口，并且勞動生產率低，使農民與市民的收入差距不僅不能縮小，反而越來越大，等等。

第三，收費和罰款額規模巨大，并且增長過快，加上多頭對個體工商戶、微型企業、中小企業的行政執法、收費和罰款，是政府機構和行政性事業機構膨脹的重要動力和條件。目前由于社會事業如養老、低保、新型農村合作醫療等的發展，又在建立機構，擴招人員，形成新一輪的機構和人員膨脹。