隨著基層黨建宏觀層面的“理論障礙”逐一破解，微觀層面的理論困惑和實踐難題也得到有效化解。

——在社區(qū)黨建領域，通過實行黨工委報告工作制和職務任期制，進一步完善了黨工委功能；通過建立區(qū)、街道和社區(qū)三級協(xié)調(diào)機制，使社區(qū)黨建共駐共建問題得到有效解決。

——在新經(jīng)濟組織黨建領域，一方面全面實行黨組織“內(nèi)建”的組建模式，另一方面對新經(jīng)濟組織與國有企業(yè)黨組織的“政治核心”作用作出區(qū)別，從理論上闡述了“在當前和今后一個時期，新經(jīng)濟組織黨組織不能像國有企業(yè)那樣實行‘黨管干部’和‘參與企業(yè)重大問題的決策’”。

——在新社會組織黨建領域，提出了“行政無主管，但黨組織不能無上級”的重要理論命題，指出，作為行業(yè)自律組織“行政無上級主管，符合市場經(jīng)濟原則要求。但幫助黨組織建立具有縱向領導關系的黨建責任主體，不是重新找回行政主管部門這個‘婆婆’，而是黨內(nèi)健全組織體系的客觀要求”。

——在農(nóng)村黨建領域，在科學回答和破解農(nóng)村黨員老化問題的基礎上，針對農(nóng)村產(chǎn)業(yè)結(jié)構調(diào)整變化、黨員流動性增強等實際情況，積極探索完成了農(nóng)村基層黨建體制機制的改革創(chuàng)新。

——在國企黨建領域，針對企業(yè)由政治單元轉(zhuǎn)變成獨立自主、自負盈虧的法人實體的客觀變化，指出企業(yè)黨組織政治功能由“領導核心”變?yōu)椤罢魏诵摹?，“符合科學原理”。在理順黨建管理體制問題上，探索實行了“兩分開、一分解”?！皟煞珠_”，即將投資者的所有權和企業(yè)的經(jīng)營權分開，以解決政企分開問題；將政府的所有者管理職能和公共事務管理職能分開。“一分解”，就是將繼續(xù)散在各政府部門管理的中小企業(yè)，通過改制變成新經(jīng)濟組織后，其黨建工作實行屬地化，由各縣市區(qū)依托組織部門或和其他部門成立非公企業(yè)黨工委管理。

——在機關事業(yè)單位領域，針對機關黨建“各自為戰(zhàn)”的實際情況，采取了“雙重管理體制”，即不論成立黨委或黨組，機關黨建工作一律歸到市直機關工委管理。