分析臺灣公會的性質更不能忽視日本領事館和臺灣總督府控制的陰影。臺灣公會從成立開始，就一直處于日本領事館和臺灣總督府的嚴密控制與監督之下。當臺灣籍民從民間自發組織成立臺灣公會時，領事館并沒有驟然答應。次年令人修改臺灣公會章程，而后才同意呈報附案。到后來，派駐廈門的歷任領事越來越重視臺灣公會的作用，臺灣公會的一切事務受到領事館愈加嚴密的控制。領事館操縱了臺灣公會的人事權，領事插手甚至控制公會的選舉，不斷進行改革，制定規則，直接任命督察，甚至派出頗有實權的日本監督人員。1906年成立時就由日本人奧山章次郎和坂野擔任顧問，之后歷任旭瀛書院院長均任顧問，后又增加澤重信、木村貞次郎等。公會的會長及副會長雖由議員以無記名投票方式產生，但須經領事承認，領事館有權干涉其人選。“每有選舉，概以館令公布?！痹谧h員中官選的比例也越來越大。1922年的20名議員中，官選4名。1936年發布“廈門臺灣居留民會規則”，確立議員為20名，其中半數為領事指定［33］。并規定“議員選舉日期、地點及其他為選舉議員必要之細則，概由日本領事官指定。議員中如有缺員，則由領事官指明選任補缺?！保?4］該會的一切活動安排均須得到領事認可?！白h員會須請領事、顧問及參事出席，領事可向議員會提出議案。但議員會議議決各項事務，均須領事的承認，方才有效。”［35］公會的財權同樣受領事館監控。抗戰爆發后，臺灣居留民會更是完全處在日本控制之下，一度還有日本人擔任會長。旭瀛書院第一任院長小竹德吉因為為臺灣籍民教育的貢獻和為“臺紀事件”調解奔走有功，離任時還在校內為他設立胸像［36］。接任的岡本要八郎“凡會務所關，得院長之相助為理者不少”，在公會事務中發揮了重要作用［37］。臺灣公會已經淪為日本領事館和臺灣總督府手中的傀儡。

廈門臺灣籍民中有一部分人是當地居民以購買臺灣人旅券等方式混入臺灣籍，同時日本政府也選擇一些對日本利益有用的人歸化日本籍［38］。因而臺灣公會的成員構成也很復雜。日本領事認為：公會之元老及有力人士中，有不少這樣的人，他們多數是當地的資本家，且活躍于廈門市之經濟界及政治界。因為他們原來就與臺灣無深厚的關系，對臺灣及日本之事不甚了解，故公會開會時經常使用廈門話即臺語，除領事館官員出席時使用日語翻譯外，完全不用日語［39］。由于受日本領事館的保護和治外法權的庇護，臺灣公會的一些頭面人物公然從事開設賭場、走私、販賣毒品等勾當，獲取不當利益，為非作歹，給當地人留下了極其惡劣的印象。如曾任廈門市臺灣公會會長及議員的施范其、曾厚坤、何興化、陳寶全、林滾等人，均與販毒有關。曾經當過12年會長的曾厚坤在廈門的“厚祥”、“坤吉”商店大量販賣鴉片與日貨，其中以鴉片生意為大宗。每次貨船抵廈，日本領事都派日本警察下船，為其起卸鴉片打掩護［40］。廈門“鴉片大王”葉清和與臺灣公會歷屆會長施范其、曾厚坤、陳長福等人先后合辦專營鴉片、嗎啡等毒品的“五豐”、“鷺通”、“裕閩”公司，走私鴉片，制造、販賣海洛因、嗎啡等毒品，與臺北“星制藥”公司也有合作關系［41］。時任日本駐廈門的領事井上庚二郎也不得不承認“臺灣公會之議員中，有多數涉及販毒，上述臺籍之學生中，有部分咒罵公會議員是鴉片議員，實非夸張”［42］。在臺灣籍民和當地人發生的一些矛盾中，臺灣公會發揮了調停作用。但作為客居的一方，常常反客為主，在領事館的支撐下，仗勢欺人，如著名的“臺吳事件”、“臺紀事件”、“臺探事件”等。