1985年5月頒布的《中共中央關于教育體制改革的決定》?！稕Q定》規定：“學校逐步實行校長負責制……學校中的黨組織要從過去那種包攬一切的狀態中解脫出來，把自己的精力集中到加強黨的建設和加強思想政治工作上來。”《決定》頒布后，在部分高校開始進行校長負責制的試點。到1989年，全國共有130多所高等學校內部實行校長負責制的領導體制。隨著1989年的政治風波，東歐劇變、蘇聯解體等重大事件的發生，加強黨的領導又被提到重要位置。

3.黨委領導下校長負責制的初步建立和形成（1990年—1999年）1990年4月召開了改革開放以來的第一次全國高等學校黨建設工作會議。會議指出：“堅持黨的領導，加強高校黨的建設，是辦好中國特色的社會主義大學的根本保證”，“總結改革開放七年以來的經驗教訓，我們的一個基本認識是，辦好社會主義大學，黨在高等學校的領導地位只能加強、改善，不能動搖、削弱”。 會議指出：“高等學校實行黨委領導下的校長負責制，這是符合我國實際情況的。今后，高等學校原則上實行黨委領導下的校長負責制?！边@是在黨的會議上第一次提出了“黨委領導下的校長負責制”的命題。

1990年7月在《中共中央關于加強高等學校黨的建設的通知》中，第一次以中央文件的形式規定“高等學校實行黨委領導下的校長負責制”。 1991年5月，中共中央組織部、國家教委黨組配合中央的通知下發《關于進一步加強高等學校領導班子建設的通知》。至此，黨委領導下的校長負責制，在理論和制度以及實踐層面上已初步形成，高校黨的建設進入了健康發展的新的歷史時期。黨的十四屆四中全會后，根據《中共中央關于加強黨的建設幾個重大問題的決定》精神，1995年11月中組部、中宣部和國家教委黨組下發了《關于加強高等學校領導班子建設工作的若干意見》。1996年3月，中共中央下發了《中國共產黨普通高等學?；鶎咏M織工作條例》。這是我黨歷史上第一個高校黨的建設的法規性文件?！稐l例》明確規定：“高等學校實行黨委領導下的校長負責制”。

1999年1月開始實行的《中華人民共和國高等教育法》，將黨委領導下的校長負責制以國家法律的形式確定下來。這標志著經過十年的努力實踐，黨委領導下的校長負責制已基本形成。

4.黨委領導下的校長負責制的發展和完善（2000年至今）

在黨的十六屆四中全會，胡錦濤同志指出：“黨的執政能力強不強，關鍵在各級領導班子。”在隨后召開的全國第十三次全國高校黨建工作會上，專題研究了高校領導班子思想政治建設。