這樣的舉動自然引起日方的高度不滿。日本政府當天就向俄羅斯提出抗議，首相菅直人當晚也在官邸就此事表達了“遺憾”。外相前原誠司在記者會上批評說，俄防長此時視察北方領土是在給日俄關系“潑冷水”，與其聲稱希望改善兩國關系的愿望不相符。

不過，總體而言，日本不僅沒有實質意義的反制舉措，就是言語上的反應也非常克制，多為遺憾之類的措辭。英國《經濟學家》雜志評論說，日本的抗議方式總是“生機勃勃”，但內容卻“無關痛癢”。日本在野黨也批評政府“外交失策”。在此情況下，日本政府提高了批評聲調。2月7日這天，菅直人抨擊俄羅斯總統梅德韋杰夫去年11月的登島行為是“難以容忍的粗暴行徑”。一國領導人以這樣的措辭指名道姓批評另一國領導人，這在和平時期的外交實踐中并不多見。　　

面對日本的指責，俄羅斯不僅沒有任何示弱的意思，反而也提高了反擊力度。俄外交部2月7日發表聲明說，日本今年“北方領土日”舉行的活動，表現出“特別嚴重的反俄情緒”，從外交禮儀上看，那些針對俄總統和其他高級官員的言論是“完全不能接受的”。俄羅斯總統助理普里霍季科的話則更具刺激性，他對媒體表示，“如果日本人認為俄總統視察本國領土是在羞辱日本，那么這種羞辱將繼續下去。”