菲律賓當局處理槍手挾持康泰旅游巴事件以及其他善后工作不斷引發香港人的憤慨，荒謬事件卻還在繼續。在8月底，八名港人遺體運送返港時，其中三名遇難者的棺木被人調亂了，運送過程中卻無人知曉，導致出席本港機場迎接儀式的死者家屬“哭錯靈”。港府懷疑菲律賓殯儀館方面出錯。

據香港《大公報》9月2日消息，保安局在1日接受媒體采訪時證實，八具港人遺體運送回港后，衛生署安排家屬在葵涌殮房確認尸體時，發現棺木上有三個名牌被調亂。發言人說，死者家屬在港府救援隊伍人員陪同下，已在馬尼拉醫院和化驗所完成遺體確認程序，故估計是移送靈柩往機場前，殯儀館人員出錯，貼錯名牌。

報道稱，由于菲國政府下令按最高規格移送遺體，殯儀館因而為遺體換上更好的棺木。據悉，殯儀館人員把原載有遺體的簡單棺木，一并搬進一個新棺木時，原有棺木的死者名牌理應同樣要重新安裝在新棺木上，但有人進行這個程序時，竟把其中三個名牌調亂了，導致三具遺體的身份跟棺木上的名牌不符。之后港府在香港機場舉辦莊嚴的迎接遺體儀式，當時三具被調亂了的遺體仍不被發覺。

報道還稱，在遇難者家屬對死者失聲痛哭之后，遺體直接運送到葵涌殮房。有關人員打開棺木準備把遺體轉放在殮房尸柜時，三個相關家庭的親屬才驚覺遺體被調亂。當時已傷心欲絕的家人沒有投訴，由殮房職員繼續處理。

報道評論說，挾持慘劇事件中，馬尼拉殯儀館方面處理港人遺體不當已有前科，傳媒早前披露，殯儀館人員在馬尼拉機場準備送靈時曾打開靈柩讓在場記者拍照，引起港人強烈不滿，認為對死者極不尊重。