另外這次火山灰對歐洲航空交通造成的影響將是深遠的。火山學專家表示，盡管火山噴發會在幾天之后逐步減弱，但對空中交通的影響最長可達6個月，這對本來不景氣的歐洲航空業來說打擊將會很大。16號，漢莎航空公司、英國航空公司、法航—荷航公司等航空股開盤時大幅下跌。有分析說，本次火山灰給歐洲航空交通帶來的混亂甚至超過了“9·11”恐怖襲擊事件。當時，美國領空只不過才關閉了3天。此外，還有分析指出，本次火山灰可能促使相關國家修改航空安全條例，并有可能促使飛機制造企業研究應對火山灰的技術。

火山灰對航空的影響與平常的大霧天氣還是不一樣的，大霧天氣通常造能見度降低從而影響飛行。但火山灰一般是飄浮到比較高的高空中，火山灰云團對能見度影響有限。實際上16號白天，歐洲大陸多個國家天氣晴好，只是云層稍厚一些。關閉機場主要是從飛機飛行的安全角度考慮做出的決定。因為火山灰云團所在的高度正是噴氣客機飛行的高度，大量煙塵顆粒會阻塞飛機氣流閥門，并引起發動機故障。火山灰中含有玻璃顆粒和巖石粉末，粘附在飛機發動機葉片上后會導致引擎停轉，粘附在機體表面后將損壞機身，從而造成重大航空事故。煙塵還可能威脅到所有飛機外部的傳感器。在過去20年間，火山煙塵導致的飛機故障已有80多起。1982年印尼火山爆發的火山灰就曾經使英國航空公司的一架大型噴氣式客機4臺發動機停轉，幸好機組人員設法使3臺發動機恢復工作，并緊急降落，保住了機上263名乘客的性命。

由于冰島火山爆發產生的火山灰干擾，德國航空交通管制中心(DFS)16號宣布，境內16家國際機場13家停飛，其中包括德國最大的機場法蘭克福機場。DFS一位發言人透露，目前除了斯圖加特、紐倫堡和慕尼黑的國際機場仍在使用外，其他13家機場，如柏林、漢堡、漢諾威、科隆、法蘭克福等均被關閉，大批旅客滯留。目前，航空安全管理當局還不清楚機場關閉將持續多久，氣象部門說他們將每6小時發布一次氣象預報。此外，據德國媒體報道，機場關閉還影響到準備從美國回國的德國總理默克爾的預定行程，目前還不清楚她將改道到哪個機場降落。

受到這次火山灰的影響，波蘭航空局發言人16號上午宣布，波蘭已經封閉了除南方城市克拉科夫以外的波蘭所有空域，什么時候恢復航行，將另行通知。這樣，可能有多國首腦會取消參加波蘭已故總統卡欽斯基葬禮的計劃。波蘭總統府發言人表示，如果火山灰云團不能盡快散去，波方將考慮推遲原定于18號舉行的卡欽斯基夫婦的葬禮。